Análisis diferencial de las alteraciones genéticas presentes en el tumor primario "versus" metástasis del cáncer de mama hormonopositivo

Resumen

A pesar de la heterogeneidad del cáncer de mama receptor hormonal positivo (CMRHP), aun no se ha establecido ninguna estratificación clínica significativa basada en los genes que con mayor frecuencia presentan mutación en esta enfermedad (TP53-PIK3CA-PTEN). Además, se desconoce la estabilidad del paisaje mutagénico desde las lesiones primarias hasta las metastásicas. Las Sociedades Internacionales han secuenciado las mutaciones de casos tempranos de diferentes subtipos de cáncer de mama. En esta tesis proponemos como hipótesis que el análisis pareado de las alteraciones genéticas presentes en tumores metastásicos en comparación con sus tumores primarios nos permitiría responder a, 1. Si los casos de recurrencia conllevan un único paisaje genómico, 2. Si en la metástasis este paisaje se preserva globalmente o no, y cuál es el papel de la frecuencia de alelos menores (MAF) en la expansión del cáncer. En este estudio, sobre las lesiones primarias y metastásicas de 11 casos de cáncer de mama pareados (43 por ciento estadios II, 57 por ciento en estadio III) y en 11 líneas celulares se realizaron análisis de secuenciación genética masiva de nueva generación (NGS) y análisis de arrays de CGH con un panel que cubre los genes mutados en el mayor o igual a 1% de los casos de CMRHP, a más de 800X de profundidad. Los principales hallazgos mutacionales, basados en la frecuencia de las alteraciones presentes en las muestras, la expansión de las frecuencia de alelos menores (MAF) presentes en las muestras metastásicas y la severidad de los cambios, fueron validados con los datos procedentes del Atlas De Genoma del Cáncer de Mama (TCGA). La función de los genes pronósticos encontrados fue estudiada mediante modelos in vitro en líneas celulares de cáncer de mama hormonoresistentes. Las alteraciones genéticas más severas, con frecuente expansión de alelos menores (MAF) en la metástasis, se encontraron de manera repetida en 18 genes. Sin embargo, sólo MYC, DNAH5, CSFR1, EPHA7, ARID1B y KMT2C presentaron un factor pronóstico independiente o se encontraban con una incidencia significativa entre los casos recaídos versus no recaídos procedentes del Atlas de Genoma del Cáncer de Mama. La firma genética formada por MYC, KMT2C y EPHA7 fue la que mejor discriminó el curso clínico de las pacientes, con más de 50 meses de diferencia en supervivencia global (p igual 0.0001), con un aumento en el riesgo de muerte de 3.25 veces mayor (HR igual 3.25, p menor que 0.0001) y de recaída precoz durante el tratamiento hormonal. Las líneas celulares (n igual 4) con la mutación D348N en KMT2C fueron capaces de adquirir resistencia hormonal en menos de 1 año frente a las otras líneas (n igual 7) que fueron incapaces. La mutación T666I del dominio tirosina-quinasa de EPHA7 confirió también resistencia hormonal. En conclusión de esta tesis, la novedosa presencia de mutaciones inactivantes de los genes KMT2C y EPHA7, que confiere resistencia al tratamiento hormonal, se correlaciona con una evolución clínica desfavorable en CMRHP.