Estudio de splicing alternativo y variantes sin clasificar en genes de susceptibilidad al cáncer de mama y ovarioimplicaciones clínicas

Resumen

Hasta hace poco, los genes BRCA1 y BRCA2 eran los únicos que tenían aplicación en las consultas de consejo genético para el asesoramiento de familias con sospecha de padecer un síndrome hereditario de cáncer de mama y ovario (HBOC). La detección de una variante patogénica en estos dos genes ha permitido individualizar el asesoramiento genético y proponer estrategias reductoras de riesgo más agresivas, como las cirugías profilácticas. Aunque, no siempre el resultado de los test genéticos es de carácter informativo, sino que en muchas ocasiones nos encontramos con variantes de significado clínico desconocido (no podemos deducir el impacto funcional basándonos exclusivamente en el cambio observado en la secuencia del gen). Estos hallazgos plantean numerosos problemas, e introducen incertidumbre en el asesoramiento genético. Se espera que el número de variantes de significado clínico incierto aumente tras la incorporación de nuevos genes de susceptibilidad al cáncer de mama. Hoy en día está bien establecido que los defectos genéticos en PALB2 (cáncer de mama) y RAD51C /RAD51D (cáncer de ovario), tienen una contribución significativa al exceso de riesgo familiar (aunque las estimaciones de riesgo son imprecisas para cada uno de estos genes). En esta tesis doctoral se defiende la importancia de incorporar los estudios in vitro de splicing a la rutina diagnóstica para la clasificación clínica de variantes genéticas, demostrando que ciertas variantes son patogénicas al alterar el splicing, e identificando variantes (en particular sinónimas e intrónicas) que muy probablemente no lo sean al no afectar al splicing. Y también, la relevancia clínica de estudiar potenciales alteraciones de splicing asociadas a variantes con clasificación multifactorial, como es el caso de BRCA1 c.594-2A/C (IVS9-2A/C) y BRCA2 c.68-7T/A (IVS2-7T/A). El estudio en BRCA1 IVS9-2A/C (c.594-2A/C) demuestra la relevancia del splicing alternativo a la hora de clasificar clínicamente una variante genética. El estudio in vitro de splicing alternativo realizado sobre esta variante ha permitido: 1) demostrar que no todas las variantes genéticas localizadas en sitios consenso de splicing deben ser consideradas patogénicas en ausencia de estimaciones directas de riesgo y/o estudios experimentales, 2) demostrar que un codón de parada prematuro en BRCA1 no es necesariamente patogénico, 3) demostrar que niveles normales de expresión de BRCA1 Delta9,10 confieren haplosuficiencia y, 4) demostrar que los estudios in vitro de splicing deben diseñarse teniendo en cuenta la existencia de splicing alternativo. El estudio en BRCA2 c.68-7T/A permite concluir que niveles de BRCA2 Delta3 hasta cuatro veces superiores a los observados en controles no se asocian con un aumento del riesgo de desarrollar cáncer. Durante el desarrollo de esta tesis doctoral se ha tratado de demostrar que la caracterización detallada del splicing alternativo de un gen aporta información esencial para la correcta interpretación clínica de las variantes genéticas que se identifican en dicho gen; y es clave para el correcto diseño de los estudios de splicing. Por ello, consideramos esencial la caracterización del splicing alternativo en los genes de susceptibilidad antes de que se incorporen a la rutina. Y por tanto, la caracterización del splicing alternativo en RAD51C, RAD51D y PALB2 llevado a cabo en este trabajo de tesis doctoral es una herramienta de enorme utilidad para la clasificación clínica de variantes genéticas en estos genes. En concreto, esta caracterización nos ha permitido: 1) identificar eventos de splicing alternativo que podrían tener impacto en la clasificación de variantes en zonas consenso de splicing, 2) identificar eventos de splicing alternativo que podrían tener un impacto sobre la clasificación de variantes que introducen codones de parada prematuros e 3) descartar la existencia de eventos de splicing alternativo mayoritarios específicos de tejido.