Epidemiología molecular de VIH-1 en Panamáidentificación de clusters filogenéticos intrasubtipo y recombinantes inter e intrasubtipo mediante análisis de secuencias del genoma completo

Resum

Esta tesis doctoral es el primer estudio sobre la diversidad genética del VIH-1 en Panamá. Se analizaron 163 muestras de pacientes con SIDA y de individuos asintomáticos infectados por VIH-1. La amplificación y secuenciación de segmentos parciales de los genes gag (p17), env (C2-C4) y pol (PR-TI) del VIH-1 a partir del ARN de plasma se realizó mediante RT-PCR seguido de PCR anidada. Las muestras analizadas en genoma completo se seleccionaron en base a los resultados obtenidos en PR-TI. Ciento cuarenta y cinco (98,6 por ciento) de los 147 virus que amplificaron en al menos uno de los segmentos parciales eran de subtipo B y dos eran recombinantes intersubtipo. En el segmento de PR-TI mediante análisis bayesiano se identificaron 7 clusters filogenéticos intrasubtipo que comprenden la mayoría (71,6 por ciento) de los virus de subtipo B de Panamá, presentando tres de estos clusters correlaciones geográficas con Panamá oriental u occidental. La gran mayoría de los virus de subtipo B agrupaban en el clado pandémico, excepto seis, que ramificaban basalmente con respecto al mismo. Se estimó mediante datación molecular el origen de 5 de los clusters filogenéticos intrasubtipo en la década de 1970 y de uno en la de 1980. Se caracterizaron 36 secuencias de genomas completos de virus de subtipo B confirmándose la estructura en clusters previamente definida en PR-TI, excepto por el hecho que dos clusters identificados en PR-TI agrupaban en un único cluster en genomas completos, identificándose tres recombinantes intrasubtipo y estableciéndose la relación filogenética de dos clusters de Panamá con virus de Sudamérica y de otro con virus de Estados Unidos y Francia. También se caracterizaron en genomas completos las estructuras en mosaico de los dos virus recombinantes intersubtipo, determinándose que son formas recombinantes únicas (CRF02_AG/A3 y CRF12_BF/B). El análisis de PR-TI también determino que el 9,7 por ciento de los pacientes con SIDA presentaron mutaciones de resistencia asociada a medicamentos ARV, todos ellos con exposición previa a fármacos, sin que se detectara ningún caso de resistencia transmitida entre los pacientes asintomáticos sin exposición previa a fármacos.