Determinación por RMN de las estructuras tridimensionales de proteína sin homólogos secuenciales de estructura conocidata0095 de thermoplasma acidophilum y cars1 de mysococcus xanthus

Resumen

En esta Tesis se pretende contribuir al objetivo de la Genómica Estructural mediante la determinación por RMN de la estructura de proteínas que sean candidatas a presentar un nuevo plegamiento, es decir, un plegamiento no encontrado en ninguna proteína cuya estructura se haya determinado anteriormente. Las proteínas que poseen mayor probabilidad de tener un nuevo plegamiento son las que carecen de homólogos de secuencia de estructura conocida. En la investigación realizada se dintinguen cuatro partes bien diferenciadas: i. Selección de proteínas que puedan poseer un nuevo plegamiento. ii. Expresión y purificación de las proteínas seleccionadas en cantidad suficiente y con el etiquetado isotópico necesario (elevado a 15N, elevado a 13C) para su estudio por RMN. iii. Determinación por RMN de la estructura de las proteínas. iv. Analisis de las estructuras determinadas. La primera parte hace uso de herramientas bioinformáticas. La segunda conlleva el empleo de técnicas de Biología Molecular. Para la tercera, se utiliza la espectroscopia de RMN multidimensional: esta parte incluye la adquisición, el procesado y la asignación de los espectros de RMN y el cálculo de la estructura a partir de los parámetros de RMN utilizando programas específicos en cada etapa. La cuarta y última parte requiere la utilización de programas de visualización y análisis de estructuras, y de métodos bioinformáticos. En concreto, las proteínas objeto de estudio de la presente Tesis han sido: TA0095 de Thermoplasma acidophilum de 96 aminoácidos, y CarS1 de Myxococcus xanthus de 86 aminoácidos.