Utilización de información genómica para análisis de diversidad e introgresión en la perdiz roja (alectoris rufa)

Resum

Las poblaciones de perdiz roja (Alectoris rufa) han decrecido drásticamente en los países del sur de Europa durante las últimas décadas debido a numerosas causas, entre ellas una elevada presión cinegética, lo que ha llevado a la liberación de indivi duos criados en granjas para reforzar los cotos de caza. El hecho de que los criadores realicen cruces con especies seleccionadas por sus mejores aptitudes productivas en condiciones de cautividad (ej. Alectoris chukar), ha promovido la liberación en la naturaleza de individuos con distintos niveles de hibridación, lo que no es legal de acuerdo con las legislaciones de todas las CCAA y, por lo tanto, debe ser evitado. En este trabajo de tesis se trató, por un lado, de probar las posibilidades qu e ofrecen marcadores del tipo microsatélite para la comparación de la composición genética entre poblaciones de perdiz roja repobladas y no repobladas, así como para la detección de la posible existencia de hibridación de A. rufa x A. chukar en las p erdices repobladas. Los 22 marcadores de tipo microsatélite utilizados mostraron una eficacia suficiente para diferenciar entre poblaciones estrechamente relacionadas de perdiz A. rufa y para detectar la existencia de una composición genética diferen te entre los individuos criados en cautividad y los salvajes. Sugieren también que la repoblación realizada para la caza en ojeo tiene un impacto genético pequeño sobre las poblaciones salvajes. Sin embargo, al haberse hallado evidencia de hibridació n con perdiz A. chukar en granjas cinegéticas, sería conveniente la aplicación de controles genéticos de los individuos que se utilicen para repoblar cotos de caza. Además, las posibilidades de trazabilidad que ofrecieron este conjunto de marcadores permitirían garantizar la reintroducción de perdices del origen genético adecuado en cada área. Por otro lado, para obtener una herramienta que permitiese la detección sencilla, rápida y de bajo coste de ejemplares híbridos A. rufa x A. chukar, se ha desarrollado un sistema de PCR-Múltiple-Extensión del Cebador. Para ello, en un primer paso, y partiendo de la información genómica publicada de Gallus gallus, se identificaron 109 SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) y 5 INDELs (INserción o DELec ión) en las especies A. rufa y A. chukar mediante PCR-SSCP (Polymerase Chain Reaction - Single Strand Conformational Polymorphism), 23 de los cuales (así como un SNP mitocondrial) fueron optimizados en 2 PCRs múltiples. Los polimorfismos seleccionado