Implicaciones clínicas de la detección de mutaciones recurrentes mediante secuenciación masiva en leucemia mieloide aguda y correlación con la sensibilidad a fármacos antileucemia

Resumen

La leucemia mieloide aguda (LMA) es una patología con alta heterogeneidad molecular y citogenética. Su pronóstico es muy desfavorable, e incluso en casos impredecible debido a la falta de herramientas diagnósticas específicas. El diagnóstico genético se realiza mediante estudios cito-morfológico y bioquímicos, y estudios de secuenciación Sanger de una serie de genes. Una alta proporción de pacientes con LMA que alcanzan remisión completa (RC) y/o enfermedad mínima residual (EMR) negativa finalmente recaen debido al resurgimiento de clones patológicos indetectables y resistencia al tratamiento. Por ello, es necesario la implantación de nuevas tecnologías, como la secuenciación masiva o NGS que optimicen la caracterización del paciente al inicio de la enfermedad y a lo largo seguimiento, especialmente en la refractariedad primaria al tratamiento y la recaída; y en la monitorización de la EMR. Así como estudios farmacológicos para detectar sensibilidad y resistencia a la terapia. Se realizó un estudio molecular que incluye el análisis con NGS en el diagnóstico (n=190), en la refractariedad/recaída (n=38), y en el seguimiento y/o monitorización de la enfermedad mínima residual (n=106). Además, se realizó un estudio farmacológico ex vivo con 18 fármacos en 74 de los pacientes de la cohorte al diagnóstico con una plataforma basada en citometría de flujo. En el diagnóstico se identificaron 264 variantes y los genes con mayor frecuencia poblacional fueron NPM1 (28%), DNMT3A (26%), FLT3 (25%), TET2 (21%) y NRAS (19%). Presentar variables alélicas en TP53, EZH2, U2AF1 y/o KMT2A son factores de mayor riesgo de muerte. Presentar variables alélicas en ZRSF2 es factor de menor riesgo de muerte. EZH2 se manifiesta a la vez como marcador de mayor riesgo de recaída El estudio diagnóstico vs. refractariedad reveló estabilidad clonal; el 75 % de las variantes al diagnóstico se manifestaban en la refractariedad, el 25 % se perdieron y 5 variantes se identificaron de novo. El estudio diagnóstico vs recaída reveló dinámica clonal; el 78 % de las variantes al diagnóstico se manifestaban en recaída, el 22 % no se detectó y otras 17 se identificaron de novo El método basado en NGS a alta profundidad para la evaluación de EMR logró una sensibilidad de 10-4-10-5 y una aplicabilidad del 86% de los pacientes de nuestra serie. Pacientes con EMR positiva se asoció a menor supervivencia global y libre de enfermedad. Además, es un factor asociado a riesgo de muerte y de recaída. Este método simplifica y estandariza la monitorización de EMR y mejora la predicción respecto a metodologías convencionales (citometría de flujo y qPCR El text de sensibilidad ex vivo a fármacos discrimina pacientes sensibles o resistentes a cada uno de los fármacos testados. Su aplicabilidad para la predicción de la respuesta validó con citarabina y presenta además valor pronóstico. Se ha observado variabilidad de la respuesta farmacológica en relación con la presencia de marcadores moleculares, de tal manera que se observa mayor sensibilidad ex vivo en pacientes mutados en NPM1, FLT3, KMT2A y/o KRAS. Por otro lado, se observó menor sensibilidad ex vivo en pacientes mutados en U2AF1, TP53, EPOR y/o IDH2. El grupo de pacientes con patrón de resistencia a múltiples fármacos tienen menor supervivencia global que el resto de pacientes y es un factor de riesgo de muerte. Sin embargo, el valor predictivo se optimiza gracias a un score que combina el perfil farmacológico y el perfil mutacional. Ofreciendo mayor información al clínico ante la selección del tratamiento óptimo para cada paciente de manera individualizada