Caracterización y comparación de mutaciones en tumores primarios, tejido metastásico y DNA circulante en pacientes con cáncer de mama metastásico

Resumen

La utilización de tecnologías de secuenciación de nueva ha aportado información esencial sobre el perfil de mutaciones del cáncer de mama. Dada la heterogeneidad entre el tumor primario y sus metástasis las biopsias del tumor primario pueden no constituir la fuente idónea para la caracterización de la enfermedad. Por otra parte, la biopsia de las diferentes localizaciones metastásicas y su repetición en cada progresión no es posible en la mayor parte de las ocasiones. Es preciso, por tanto el desarrollo de abordajes que permitan el análisis de las alteraciones genéticas del cáncer por métodos no invasivos con el objetivo de identificar dianas terapéuticas y potenciales mecanismos de resistencia. El análisis del DNA tumoral circulante (ctDNA) está siendo estudiado como una alternativa a la realización de biopsias tisulares pudiendo constituir una herramienta mínimamente invasiva para obtener información de todas las localizaciones metastásicas en tiempo real. El objetivo principal del estudio es evaluar la concordancia de las mutaciones identificadas en tejido parafinado del tumor primario y metastásico en pacientes con cáncer de mama metastásico. Los objetivos secundarios fueron la determinación de los perfiles genómicos ctDNA procedente de sangre periférica y comparar estos perfiles con los identificados en el tumor primario y metastásico. Se incluyeron pacientes con cáncer de mama metastásico, ¿ 18 años, con muestra parafinada archivado del tumor primario e indicación clínica para la realización de biopsia de la recidiva. Se excluyeron pacientes con metástasis óseas como única localización metastásica, trastornos de la coagulación o situación funcional según escala del Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) de 3 o 4. La secuenciación masiva ha sido realizada utilizando la tecnología Ion Torrent a partir de 80 muestras de tejido parafinado y 40 muestras de plasma utilizando un panel diseñado para cubrir los 54 oncogenes y genes supresores más frecuentes en cáncer de mama. Posteriormente se ha realizado una validación de variantes identificadas por Ion Torrent utilizando una tecnología de NGS alternativa (Illumina). Entre noviembre de 2013 y marzo de 2017, un total de 80 pacientes cumplieron los criterios de inclusión y exclusión y firmaron el consentimiento informado. Tras aplicar unos criterios estrictos de calidad para el análisis de las muestras finalmente se dispone de datos completos en 40 de estos pacientes. Se han identificado 110 variantes en 34 genes categorizadas como patogénicas, probablemente patogénicas o de significado incierto comunes entre el tumor primario y sus metástasis. Cuando estas 110 variantes han sido analizadas en muestras de plasma se han detectado en ctDNA un total de 107 (sensibilidad = 0.972). Por otra parte, hemos identificado 13 variantes en tumor metastásico y ctDNA no presentes en el tumor primario. De las 110 variantes comunes entre tumor primario y metástasis identificadas por Ion Torrent se confirmaron por Illumina un total de 94 (85%). Al analizar la presencia de estas 94 variantes en ctDNA se identificaron 54 variantes (sensibilidad = 0.63). Aunque la mayoría de las variantes identificadas son compartidas por el tumor primario y sus metástasis, el análisis por NGS del tumor metastásico ha permitido identificar variantes no presentes en el tumor primario. Estos hallazgos sugieren que el tejido tumoral procedente de las metástasis debería ser la fuente de material genómico utilizada para identificar biomarcadores pronósticos y de respuesta al tratamiento.. El análisis de ctDNA en plasma mediante la tecnología Ion Torrent ha mostrado una elevada sensibilidad en la detección de variantes identificadas en tejido de tumor primario y metastásico. De este modo, el análisis de ctDNA podría ser una fuente alternativa para la detección de alteraciones genómicas en pacientes con cáncer de mama avanzado.