Integration of biological datasystems, infrastructures and programmable tools.

Resumen

El desarrollo de técnicas experimentales de alto rendimiento (como la secuenciación y los microchips de ADN), junto con el consiguiente desarrollo de la bioinformática y la biología computacional y la acumulación de gran cantidad de datos e información han convertido a la Biología Molecular en una ciencia dependiente en gran medida de las Tecnologías de la Información, Este torrente de información hace necesario, casi inevitable, automatizar el análisis integrado de los nuevos datos experimentales disponibles. La integración de información biológica tiene diversas caras y, por tanto, los diferentes enfoques y soluciones existentes se revisan como una introducción a la materia. La segunda parte de la tesis presenta los pasos dados para solventar la carencia de infraestructuras para la gestión y almacenamiento de datos estructurales obtenidos mediante microscopía electrónica tridimensional, articulados alrededor de dos proyectos científicos de ámbito internacional: una primera conceptualización en la base de datos Biolmage (integrando información de distintas técnicas microscópicas) y la creación de EMD (Electron Microscopy Database) en el European Bionformatics Institute (integrando información de estructuras macromoleculares). Finalmente se presenta el trabajo realizado (en colaboración con el San Diego Supercomputer Center) para proporcionar herramientas que respondan a las necesidades de análisis de un laboratorio experimental y/o computacional. Los procesos de análisis se modelan mediante flujos de trabajo (workflows), que intercalan accesos a fuentes de información (bases de datos estructuradas, ficheros locales, sitios Web) y ejecución de algoritmos y/o aplicaciones.