Study of the Sacharomyces cerevisiae ribosomal stalk interactions with other ribosomal components using chemical cross-linking

Resum

RESUMEN DE LA TESIS El llamado tallo ribosómico es una estructura muy conservada del la subunidad mayor del ribosoma que esta directamente implicada en el funcionamiento de los factores solubles de la traducción. El tallo ribosómico es mas complejo que el procariótico y además parece que participa en actividades reguladoras de la traducción que no se han encontrado en sistemas mas primitivos. Debido a su gran flexibilidad el tallo ribosómico es muy móvil lo que ha impedido la resolución de su estructura en los modelos del ribosomas derivados de difracción de rayos X. Debido a esta circunstancia se han de utilizar técnicas alternativas que proporcionen información sobre su estructura y función a nivel molecular. Una información relevante en este sentido es determinar que otros componentes del ribosoma o de la maquinaria de traducción están próximos a cada uno de los componentes del tallo. En esta tesis se ha llevado un estudio mediante reactivos que forman puentes covalentes entre proteínas, "cross-linkers", para estudiar el entorno estructural de cada un de los componentes del tallo en el ribosoma de la levadura Saccharomyces cerevisiae. El tallo ribosómico de esta levadura esta formado por cuatro proteínas ácidas (pIs entre 3,0 y 4,0) de 12 kDa y de una proteína de mayor tamaño y pI mas alto (aprox. 5,0) que forman un pentámero el cual se une al resto del ribosomas a través del dominio amino terminal de la proteína P0. Las proteínas ácidas forman dos familias diferentes con dos miembros cada una de ellas, P1a/P1b y P2a/P2b. De esta forma en el tallo en esta especie esta formado por cuatro proteínas ácidas diferentes, aunque aquellas que son del mismo grupo parecen tener una función muy similar. Todas las proteínas, incluidas la proteína P0 tienen el mismo péptido terminal, EESDDDMGFGLFD. Dado que ninguna de las proteínas tiene en su secuencia residuos de cisteína, se opto por preparar mutante