Desarrollo de sistemas informáticos para la gestión y el análisis de resultados de DNA ARRAYS aplicaciones al estudio de procesos biológicos en Escherichia Coli y saccharomyces Cerevisiae

Abstract

Gracias al desarrollo de la tecnología de DNA arrays es posible estudiar el comportamiento, a nivel transcripcional, de miles de genes en varias condiciones experimentales. Durante la última década, la información obtenida con esta tecnología ha permitido llevar a cabo un ingente esfuerzo en el estudio del control génico de los procesos celulares, con importantes repercusiones en investigación básica y biomédica. Dado el volumen y la complejidad de los datos obtenidos en los experimentos con DNA arrays, la gestión y el análisis de los resultados ha de realizarse con métodos computacionales específicos. En esta memoria se describe el desarrollo de tres sistemas informáticos asociados a la generación y el análisis de resultados de DNA arrays. AlmaZen es un sistema para la gestión de muestras biológicas que contempla la simulación de los protocolos de trabajo específicos de esta tecnología, particularmente en la fase de preparación de los DNA arrays. El sistema está basado en el desarrollo de una base de datos relacional y un conjunto de herramientas de acceso remoto capaces de simular los protocolos de trabajo de prácticamente cualquier laboratorio de DNA arrays. SimplyQuant es un programa completo para el análisis de imágenes complejas, generadas con un tipo concreto de DNA arrays (macroarrays). El programa incluye un robusto algoritmo para la detección y cuantificación de puntos muy próximos entre sí, consiguiendo un porcentaje muy alto de reproducibilidad en la cuantificación de los resultados. GEISHA es una plataforma computacional destinada a facilitar la anotación de la función de grupos de genes detectados en experimentos de expresión génica. Está basada en un conjunto de nuevos métodos estadísticos para la extracción automática de información a partir de textos científicos. En este nuevo área de aplicación ha resultado especialmente interesante la comparación simultánea de los procesos d