Estructura secundaria y mapa de variabilidad de la subunidad pequeña del ARNr de Entamoebaposibles implicaciones para la taxonomía del género

Resumen

La taxonomía molecular del género Entamoeba basada en la secuenciación y comparación de la subunidad pequeña del ARNr (ARNr-16S) es confusa, ya que no existe un criterio uniforme respecto a qué o cuántas diferencias entre secuencias permiten diferenciar especies o variantes subspecíficas. En este trabajo analizamos la importancia de las diferencias entre secuencias e identificamos las regiones potencialmente útiles para estudios taxonómicos. Proponemos un modelo de la estructura secundaria del ARNr-16S de Entamoeba obtenido mediante modelado homólogo de 25 secuencias completas pertenecientes a 19 especies. A partir de este modelo hemos determinado el mapa de variabilidad del gen, identificando las hélices en donde se acumulan las sustituciones entre secuencias. Dichas hélices se encuentran, en la estructura terciaria, en regiones alejadas de la zona de interacción con el ARNm y los ARNt. El análisis de la secuencia-estructura de las hélices variables muestra la existencia de numerosos cambios de base compensatorios (CBCs) entre las distintas especies; de ellas, la hélice accesoria 45/e1parece una buena candidata para su uso en estudios taxonómicos. Las relaciones entre las distintas especies, obtenidas por comparación de los CBCs entre las secuencias analizadas, son básicamente las mismas que las publicadas en estudios filogenéticos con diversos modelos de evolución