Alteraciones genómicas en carcinoma epidermoide de ano localizadosecuenciación del exoma completo

Resumen

El carcinoma epidermoide de ano es una neoplasia poco frecuente con una incidencia creciente a nivel global. La población de mayor riesgo son los varones que mantienen relaciones sexuales con varones, especialmente en la población infectada por el virus de la inmunodeficiencia humana. En el 85% de los casos la base etiopatogénica se fundamenta en la persistencia de infección por genotipos de alto riesgo del virus del papiloma humano. El tratamiento de la enfermedad localizada se basa en la administración de radioterapia concurrente con mitomicina y fluoropirimidinas desde la década de los 70. A pesar de esta aproximación terapéutica, uno de cada tres pacientes presentará una recaída, habitualmente local. Algunos factores clínicos de mal pronóstico son el sexo masculino, la afectación ganglionar, el tamaño mayor a 5 cm, o la presencia de ulceración cutánea. Menos evidencia existe acerca de las alteraciones moleculares presentes en esta neoplasia.El objetivo principal de este trabajo es identificar aquellos genes que presentan variantes de alto impacto en carcinoma epidermoide de ano, evaluados mediante secuenciación del exoma completo de tejido tumoral conservado en parafina. Por otro lado, se pretende determinar las principales vías de señalización alteradas en este tumor, así como aquellos genes con variantes potencialmente asociados a características clínico-patológicas y a supervivencia libre de enfermedad. Para ello se ha realizado la secuenciación del exoma completo de 46 muestras de carcinoma epidermoide de ano localizado, correspondientes a 46 pacientes con información clínica disponible. En el análisis de datos se ha planteado una doble aproximación. Por un lado, se ha realizado un análisis restrictivo, mediante VarSeq¿ y Alamut con objeto de identificar variantes genéticas de alto impacto A partir de las variantes encontradas tras este análisis, se han caracterizado las vías de señalización alteradas por PANTHER. Por otro lado, se ha planteado un análisis exploratorio, a partir de las variantes genéticas más frecuentes, de impacto alto o moderado, identificadas mediante Variant Effect Predictor, con la intención de caracterizar los diferentes grupos clínico-patológicos e identificar los genes afectados por variantes que pudieran asociarse a un peor pronóstico de la enfermedad.En esta serie de carcinoma epidermoide de ano, se ha identificado una frecuencia baja de variantes de alto impacto sobre múltiples genes. Entre estas variantes, se ha confirmado la presencia de mutaciones previamente descritas, como FBXW7, KMT2C, KMT2D o FAT1, pero también se han identificado genes con variantes no establecidas en esta neoplasia. Las vías de señalización más frecuentemente alteradas fueron la vía de Wnt, inflamación, angiogénesis, receptores de la colecistoquinina, apoptosis, EGFR, endotelina, integrinas o PDGF, entre otras. La mayoría de estas vías forman parte de los hallmarks del cáncer. Por otro lado, se han encontrado diferencias en las alteraciones genéticas entre los tumores asociados y no asociados a VPH. Específicamente, se identificaron 15 genes, que presentan una mayor frecuencia de variantes en los carcinomas VPH (-). En comparación con los estadios I y II, en el estadio III se han identificado 11 genes afectados por variantes. Entre estos genes, los más estudiados son genes supresores de tumores que están implicados en la reparación del ADN o en la apoptosis, como ATM, CYFIP2, SLFN11, SYNE1 o MED1. Además, el análisis exploratorio muestra que las variantes en BRCA2, ZNF750, ZC3H13, ZNF599 y FAM208B podrían impactar negativamente en la supervivencia libre de enfermedad.