Estructura fina de la población de Klebsiella Pneumoniae st11 productora de oxa-48 del Hospital Universitario la Paz determinada por secuenciación genómica

Resumen

Durante la última década se ha observado la dispersión mundial de Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasa tipo OXA-48 (KpOXA). Se trata de un patógeno oportunista, multirresistente, que produce con frecuencia brotes hospitalarios y que en los países del Mediterráneo se está convirtiendo en endémico. Los brotes epidémicos pueden ser monoclonales u oligoclonales, y suelen estar asociados a unos pocos secuenciotipos que parecen estar adaptados al entorno hospitalario. La dispersión de resistencias a antibióticos parece estar asociada a algunos grupos clonales concretos, por ejemplo, al complejo clonal CC258 donde estaría incluido el secuenciotipo (ST) ST11. OXA-48 es una betalactamasa con capacidad para hidrolizar casi todos los betalactámicos, incluyendo los carbapenémicos, aunque éstos con baja actividad. El gen de la betalactamasa OXA-48 es plasmídico, y las cepas portadoras suelen llevar otras resistencias asociadas. En el Hospital Universitario La Paz (HULP) se detectó KpOXA por primera vez en el año 2010, al mismo tiempo que aparecía en otros hospitales españoles, y desde entonces se ha diseminado por todo el complejo hospitalario en un brote oligoclonal mantenido hasta el presente. Durante los últimos años se ha secuenciado el genoma completo de varios aislados de los dos clones mayoritarios del brote, y en esta Tesis Doctoral se secuencian y comparan los genomas completos de 92 aislados de KpOXA pertenecientes al ST11 (KpOXA-ST11) del HULP y 5 KpOXA-ST11 del Hospital 12 de Octubre (H12O). Para ello, se analizaron los polimorfismos de la secuencia de nucleótidos (SNP) frente a un genoma de referencia. Además, se analizaron las zonas del genoma donde se encontraban algunos elementos de inserción (IS) para intentar establecer relaciones que no se resolvían solo por SNPs. El estudio de ISs se realizó mediante extracción informática de secuenciación de genoma completo y mediante el desarrollo de un protocolo de captura de secuencias. También se estudiaron las variaciones en el número de copias de elementos móviles, IS y plásmidos, y genes de resistencia dentro de la población de KpOXA-ST11.