Paisajes de energía libre en modelos de biomoléculas

Resumen

En esta tesis doctoral se ha planteado el problema de describir el paisaje de energía libre de un sistema complejo sin recurrir al conocimiento 'a priori' de una coordenada de reacción. Para ello se ha desarrollado un método de análisis de las trayectorias extraídas de la dinámica molecular del sistema. Dicho método transforma las trayectorias en un una red de conformaciones ('conformational network model'). A partir de dicha red se ha desarrollado un eficiente algoritmo de búsqueda (denominado 'stochastic steppest descent') de los dominios de atracción ('basins'). A partir de estos dominios se obtiene una representación del paisaje de energía libre sin ningún sesgo. Así mismo se han establecido métodos para jerarquizar la estructura de 'basins'. Todos estos métodos se han aplicado al estudio de los dipeptidos de alanina, glicina y valina así como al pentapeptido de alanina.