Análisis de relaciones estructura-función en el virus del

Resumen

Una prospección realizada recientemente en España ha puesto de manifiesto que el virus del arabesco del Pelargonium (Pelargonium line pattern virus, PLPV) es el agente de tipo viral más frecuente en geranio (Pelargonium spp.) con porcentajes de incidencia que oscilan entre el 40 y el 90% dependiendo del área geográfica examinada. Una situación similar es previsible en países de nuestro entorno y, probablemente, en otros más alejados. Se trata de un virus con partículas isométricas y un genoma monopartido de RNA de simple cadena y polaridad positiva cuyas infecciones naturales parecen restringidas a especies del género Pelargonium, aunque experimentalmente puede infectar especies muy diversas. Dada la escasez de datos sobre el PLPV y la importancia que el virus está adquiriendo como patógeno, en esta tesis hemos pretendido profundizar en sus características biológicas y moleculares. El primer objetivo abordado en este trabajo ha sido determinar la secuencia nucleotídica completa de su RNA genómico (gRNA). Esta molécula está constituida por 3883 nt y, mediante análisis in silico, inicialmente identificamos seis marcos abiertos de lectura (ORFs) que potencialmente codificaban proteínas de 27 (p27), 13 (p13), 87 (p87), 7 (p7), 6 (p6), y 37 kDa (p37). Estas ORFs están flanqueadas por una región no traducible (UTR) en 5´ inusualmente corta, con sólo 6 nt, y por una 3´ UTR de 246 nt. Tanto la organización de las ORFs en el RNA viral como la mayoría de sus productos potenciales se asemejaban mucho a los implicados en replicación (p27 y p87), movimiento (p7) y encapsidación (p37) de miembros del género Carmovirus (familia Tombusviridae). A pesar de las semejanzas que compartía el PLPV con miembros de dicho género, los carmovirus producen dos RNAs subgenómicos (sgRNAs) para la síntesis de las proteínas de movimiento y de cubierta, mientras que un análisis Northern indicó que el PLPV genera un solo sgRNA de aproximadamente 1.7 kb presumiblemente implicado en la traducción de las proteínas p7, p6 y p37. Además, la región central del genoma de los carmovirus contiene dos pequeñas ORFs normalmente en distintas fases de lectura y con codones de iniciación canónicos que codifican dos proteínas de movimiento.