Estimas de los niveles de autozigosis en el hombre basadas en registros históricos y análisis genómicos. Retos y oportunidades de la tecnología molecular de alta resolución
- C.L. Hernández
- A. Ortega
- R. Calderón
ISSN: 2253-9921
Ano de publicación: 2018
Número: 39
Páxinas: 5-19
Tipo: Artigo
Outras publicacións en: Revista española de antropología física
Resumo
From the second half of 19th century onwards, population genetics has attempted to explain through theoretical models, concepts and empirical data, the evolutionary consequences and biological cost of mating between relatives. The genetic load linked to the consanguineous marriages has been traditionally assessed from pedigree reconstruction and identity of surnames of both members of the couple as a reflection of a potential biological relationship (isonymy method). These kind of results are being enriched by molecular approaches based on new high-resolution analyses of the human genome. The present survey provide chronological comparisons among those strategies used for estimating human autozygosity. Inbreeding estimates based on pedigrees and genomic data show a rather positive correlation, mainly in populations considered as human isolates. The implementation of isonymy methodologies entail limitations that generate overrated inbreeding estimates. Genomic studies have described autozygous chromosomal segments, known as Runs of Homozygosity (ROHs). Analyses of these tracts allow not only assessments of recent kinship structure of populations but also a better knowledge of human demographic dynamics in an evolutionary perspective. Furthermore, ROHs can be analyzed in any population, not being restricted to those ones defined by a low demographic size. In conclusion, the current genomic approach aimed to evaluate human inbreeding provides an interesting, promising challenge regarding other traditional methodologies based on historical records.
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Del mismo modo que en las metodologías con-sideradas tradicionales (análisis de árboles familiares e isonimia), para realizar una medida de la autozigosis humana a nivel genómico se utiliza el estadístico F. El parámetro Froh refleja aquellos segmentos cromosó-micos (tracts) que presentan estados de homozigosis (ROHs) y, además, son IBDs: Siendo Lroh la longitud total de todos los ROHs presentes en el genoma de una persona y Lauto la lon-gitud del genoma autosómico cubierto por SNPs, ex-cluyendo los centrómeros. Por tanto, estamos hablando de la proporción del genoma autosómico compuesto por ROHs y que, por tanto, sería autozigoto. En la práctica, para el cálculo de ese índice se implementan algoritmos que escanean cada cromosoma en toda su longitud, mediante ventanas de un tamaño fijo en pares de bases, en la búsqueda de segmentos de SNPs homo-zigotos consecutivos. Un fragmento cromosómico será considerado como un ROH si el número de SNPs con-secutivos excede un umbral prediseñado. Este límite inferior, en cuanto a tamaño, va a permitir filtrar aque-llos fragmentos que se deben a fenómenos de desequi-librio de ligamiento (LD) (Ceballos et al., 2018). El tratamiento estadístico se lleva a la práctica a partir de diversas herramientas informáticas, siendo los más frecuentemente utilizadas PLINK (Purcell et al., 2007) y FSuite (Gazal et al., 2014b).Financiadores
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