Detección de Helicobacter pylori y su resistencia antibióticamétodos fenotípicos, genotípicos, y secuenciación del genoma completo

Resumen

El diagnóstico de H. pylori se puede realizar mediante distintos métodos. En los últimos años, las tasas de resistencia antibiótica en H. pylori han sufrido un importante aumento. En la actualidad, la secuenciación masiva permite la detección de determinantes genéticos de resistencia y el tipado molecular de cepas. Uno de los principales objetivos es realizar la primera encuesta nacional sobre H. pylori para conocer los métodos diagnósticos empleados en los Servicios/Laboratorios de Microbiología Clínica en España, así como datos de resistencia antibiótica. A su vez, otro objetivo es comparar la PCR GenoType® HelicoDR frente al cultivo de biopsias gástricas en el diagnóstico de H. pylori y en la detección de la resistencia a antibióticos. El tercer gran bloque de objetivos consiste en utilizar la secuenciación masiva de genomas para, por una parte, comprobar si determinados determinantes genéticos pueden considerarse predictores de resistencia antibiótica y, por otra parte, para comparar cepas de H. pylori de dos localizaciones distintas del estómago, antro y cuerpo. Se elaboró la primera encuesta nacional sobre métodos diagnósticos de H. pylori en los Servicios/Laboratorios de Microbiología Clínica de España. En la encuesta también se preguntaba acerca de la realización de pruebas de sensibilidad antibiótica y porcentajes de resistencia. Se incluyeron 616 biopsias gástricas a las que se les realizó cultivo y la PCR GenoType® HelicoDR, la cual permite la detección de H. pylori y su resistencia a claritromicina y levofloxacino a partir de biopsia gástrica. En el estudio de genomas de H. pylori se incluyeron 20 cepas para el análisis de marcadores de resistencia y 22 parejas de cepas antro-cuerpo. La secuenciación masiva se llevó a cabo con el equipo MiSeq (Illumina). En los genomas de cepas antro-cuerpo se llevó a cabo análisis Multilocus Sequence Typing. (MLST). A todas las cepas se les realizó también estudio fenotípico de sensibilidad antibiótica. El cultivo de biopsia gástrica fue el método diagnóstico más utilizado (37/48), seguido de la detección de antígeno en heces (35/48), la serología (19/48) y la PCR (5/48). Respecto a la sensibilidad antibiótica, se observaron altas tasas de resistencia, especialmente a claritromicina y metronidazol (superiores al 33%). En el estudio comparativo PCR vs cultivo, el 49,7% de las biopsias fueron positivas para H. pylori con la PCR GenoType® HelicoDR, frente al 38,3% que lo fueron por cultivo. El estudio fenotípico de sensibilidad antibiótica mostró elevados porcentajes de resistencia a claritromicina (52%) y metronidazol (30%). En el análisis de determinantes genéticos de resistencia de los 20 genomas, para claritromicina y levofloxacino existió una elevada concordancia entre el método genotípico y el fenotípico, mientras que fue menor para metronidazol, amoxicilina y rifampicina. Las parejas de cepas antro-cuerpo de H. pylori presentaron el mismo perfil de sensibilidad antibiótica. El análisis MLST arrojó que en 9 pacientes la cepa de antro y la de cuerpo tenían el mismo sequence type (ST), y en los otros 13 presentaban distinto ST, pero se trataba prácticamente del mismo perfil alélico en ambas localizaciones. El cultivo de biopsia gástrica y la detección de antígeno en heces son los métodos diagnósticos de H. pylori más empleados. Los datos de resistencia antibiótica obtenidos muestran unos porcentajes de resistencia muy elevados a los dos antibióticos de primera línea, claritromicina y metronidazol. La PCR GenoType® HelicoDR tiene más sensibilidad que el cultivo de biopsia gástrica en la detección de H. pylori. Los determinantes genéticos de resistencia a claritromicina y levofloxacino identificados mediante secuenciación del genoma de H. pylori se correlacionan significativamente con la resistencia fenotípica. En los pacientes con infección por H. pylori las cepas de antro y cuerpo presentan el mismo patrón de MLST lo que indican que proceden de un mismo clon.