Metodologías para la predicción de propiedades conformacionales y dinámicas de macromoléculas biológicas en disolución

Resum

Esta Tesis doctoral se centra principalmente en el cálculo de propiedades en disolución (radio de giro, curvas SAXS, difusión, sedimentación, viscosidad y rotación) de macromoléculas de diversos tipos, desde (bio)polímeros lineales hasta proteínas, con diversos grados de flexibilidad. Se han desarrollado una serie de teorías y métodos, incluyendo avances en la ciencia de la computación, con el objetivo de proporcionar herramientas útiles para su uso el campo de la determinación y validación estructural de (bio)moléculas. Hemos estudiado el modelo vermiforme mediante métodos avanzados de hidrodinámica y cálculo Monte Carlo, que permite predecir las propiedades en disolución de cualquier polímero vermiforme (ADN, polisacáridos, sintéticos), independientemente de su tamaño o flexibilidad. También es posible obtener sus parámetros conformacionales (diámetro, longitud y longitud de persistencia) a partir de sus propiedades experimentales. Por otro lado, diseñamos un esquema computacional empleando dinámica browniana para el cálculo de propiedades de proteínas desnaturalizadas, completamente desordenadas, e intrínsecamente desordenadas.