Advancing molecular tools in tuberculosis control in a high tb/hiv burden areaevaluation of new diagnostics and application of genomic analysis

Resumen

La evaluación en campo de nuevas técnicas moleculares para el diagnóstico de tuberculosis en diferentes escenarios, y el uso de estudios genómicos para investigar la estructura de la población local y el patrón de transmisión del MTBC, arrojarían luz sobre el impacto de estos test y estrategias en entornos con una elevada carga de TB/VIH. El objetivo global de esta tesis es evaluar nuevas herramientas moleculares aplicadas, tanto al diagnóstico de la tuberculosis, como a la caracterización de la transmisión, en un área de alta carga de TB y HIV en el sur de Mozambique Los estudios en los que se basa esta tesis se han llevado a cabo en el distrito de Manhiça, una zona rural con alta carga de VIH/TB, a 80 km al norte de la capital, en el sur de Mozambique. El grupo de investigación sobre TB está integrado en el Centro de Investigación en Salud de Manhiça (CISM). Actualmente, el distrito de Manhiça, con una superficie de 2.380 km2 , cuenta con 201.845 habitantes que viven en 46.441 hogares. Esta tesis está estructurada en 5 artículos 1. Una evaluación en campo del rendimiento diagnóstico del nuevo ensayo RT-MTB en una gran cohorte de personas HIV positivas, con sospecha de TB. Se comparó el RT-MTB y el Xpert MTB/RIF (primer paso en el algoritmo de diagnóstico para personas HIV positivas, durante el tiempo del estudio), aplicando dos estándares de referencia diferentes (estándares de referencia microbiológicos y compuestos, MGS o CRS). 2. Una evaluación de campo del test Xpert MTB/RIF Ultra. Se utilizó como prueba de primera línea para el diagnóstico de tuberculosis en 2 cohortes diferentes, una basada en centros sanitarios y otra de búsqueda activa de casos, derivados del estudio Xpatial-TB. 3. Estudio de vigilancia, prospectivo de un año de duración. Se aplicó la secuenciación del genoma completo a 295 cultivos positivos de MTBC. Las cepas fueron caracterizadas mediante enfoques filogenéticos y de temporalidad, y combinamos con datos epidemiológicos para investigar las asociaciones con los factores de riesgo de transmisión predefinidos. 4. Estudio cuasi-experimental que evalúa los efectos de una estrategia de búsqueda activa de casos sobre el número de casos de TB notificados en el distrito de Manhiça (área de intervención) durante un período de 12 meses (enero-diciembre de 2018), en combinación con la implementación del Xpert MTB/RIF Ultra como prueba de primera línea para el diagnóstico programático (proyecto Xpatial-TB). 5. Análisis de epidemiología molecular anidado en el proyecto Xpatial-TB. Aplicamos secuenciación masiva en 337 cultivos de MTBC. Nuestro objetivo era investigar la relación entre los vínculos epidemiológicos y genómicos, y evaluar los cambios en la transmisión 4 años después del anterior análisis de la estructura de la población de MTB.