Desarrollo de una plataforma de detección rápida de alteraciones moleculares accionables a partir de biopsias líquidas de pacientes oncológicos

Resumen

El cáncer es una de las principales causas de muerte en todo el mundo y sigue siendo un importante desafío para la salud pública. Aunque las biopsias sólidas continúan siendo obligatorias en el diagnóstico y la clasificación del cáncer, se ha demostrado el potencial de las biopsias líquidas como herramienta para la detección de biomarcadores específicos del cáncer. En esta tesis doctoral, se ha creado una base de datos propia, la ONCLIQ-DB, donde se han recopilado todas aquellas alteraciones moleculares asociadas a diagnóstico, pronósticos, estratificación, sensibilidad y/o respuesta a terapia y seguimiento con suficiente evidencia científica como para ser de utilidad en el manejo de pacientes diagnosticados con cáncer de pulmón, colorrectal, mama, páncreas y gliomas. La baja proporción de ADN tumoral circulante (ctADN) presente en las muestras de biopsia líquida hacen necesario el desarrollo de herramientas altamente sensibles para la detección de alteraciones accionables. Por ello, en esta tesis doctoral evaluamos la sensibilidad de detección de la mutación puntual BRAF V600E de la novedosa herramienta de detección de ácidos nucleicos basada en CRISPR-Cas13a, la qRT-PCR y la sofisticada PCR digital (ddPCR). Mediante esta evaluación pudimos comprobar como la ddPCR tiene una sensibilidad, especificidad y reproducibilidad superior a los métodos convencionales. Finalmente, en esta tesis doctoral, empleamos una cohorte de 85 biopsias líquidas procedentes de pacientes diagnosticados con cáncer de pulmón, colorrectal y tumores gliales con el fin de comprobar el poder de detección de mutaciones presentes en ctADN de la ddPCR. Mediante este estudio concluimos que, aunque la ddPCR ha demostrado sus altas tasas de sensibilidad y especificidad para detectar mutaciones accionables, se requieren más estudios para implementarlo en todos los laboratorios clínicos de medicina de precisión.