Comparative transcriptomics and gene discovery in caecilian amphibians

Résumé

Muchos aspectos de la biodiversidad continúan siendo todo un misterio, bien porque todavía no se han llegado a comprender a pesar de los esfuerzos de estudio, o bien porque se encuentran poco estudiados. Con el auge de las tecnologías de secuenciación masiva y herramientas bioinformáticas asociadas, se ha abierto una oportunidad sin precedentes en investigación biológica. De entre las metodologías de secuenciación masiva destaca la secuenciación del ARN que ha irrumpido como una de las metodologías con mayor potencialidad para desentrañar, mediante el estudio de perfiles de expresión génica, los secretos del funcionamiento y adaptación de las especies. En esta tesis hemos analizado la expresión génica de diferentes tejidos de varias especies de uno de los grupos de vertebrados más desconocido, las cecilias, orden Gymnophiona (ápodos). Las cecilias forman junto a ranas y salamandras la clase de tetrápodos Amphibia. La falta de información sobre este orden de anfibios está vinculada con la confusión inicial con otros animales morfológicamente similares, su distribución tropical y principalmente su particular modo de vida fosorial, el cual ha dificultado su estudio mediante metodologías zoológicas clásicas. En aras de ampliar el conocimiento acerca de la ecología y evolución de las cecilias, hemos comparado los genes codificantes expresados en las muestras de las cecilias a tres niveles: entre vertebrados, entre especies de cecilias y entre los distintos tejidos de trabajo. Nuestros estudios apuntan hacia la expansión de las familias génicas de vertebrados en cecilias, aportan información sobre innovaciones moleculares a lo largo de la evolución de estos anfibios y señalan varios genes con importantes funciones en su piel. Esta tesis es el primer estudio de caracterización genómica en cecilias y sienta la bases para futuras investigaciones explorando los elementos genómicos que se esconden detrás de la biología de estos enigmáticos anfibios.