Estimas de los niveles de autozigosis en el hombre basadas en registros históricos y análisis genómicos. Retos y oportunidades de la tecnología molecular de alta resolución

  1. C.L. Hernández
  2. A. Ortega
  3. R. Calderón
Revista:
Revista española de antropología física

ISSN: 2253-9921

Año de publicación: 2018

Número: 39

Páginas: 5-19

Tipo: Artículo

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Resumen

Desde la segunda mitad del siglo XIX hasta la actualidad, la Genética de Poblaciones ha explicado mediante modelos teóricos, conceptos y datos empíricos las implicaciones evolutivas y el coste biológico de los cruzamientos entre parientes. La carga genética ligada al fenómeno de la consanguinidad humana se ha evaluado tradicionalmente a partir de la reconstrucción de árboles familiares (o pedigríes) y mediante el análisis de la identidad de apellidos entre los miembros de una pareja, como reflejo de su relación biológica (método de la isonimia). Estos resultados se están enriqueciendo gracias a los enfoques moleculares basados en las últimas tecnologías de análisis de alta resolución del genoma humano. El presente estudio ofrece una comparación detallada y cronológicamente secuencial entre las estrategias para evaluar la autozigosis humana. Se han detectado correlaciones positivas entre las estimas del inbreeding basadas en pedigríes y datos genómicos, fundamentalmente en poblaciones consideradas como aislados humanos. Por otro lado, la aplicación de la isonimia alberga ciertas limitaciones que repercuten en estimas sobrevaloradas del inbreeding en la población general. Los estudios genómicos han descrito bloques cromosómicos de autozigosis, denominados Runs of Homozygosity (ROHs), cuyo análisis permite, no solo evaluar la estructura del parentesco reciente en una población, sino también conocer dinámicas demográficas humanas con una perspectiva evolutiva. Además, los ROHs se pueden estudiar no solo en cualquier población sino también en aquellas de tamaño demográfico reducido. En consecuencia, el nuevo enfoque molecular dirigido al estudio del inbreeding humano está aportando una rica información con respecto a las metodologías tradicionales fundamentadas en los registros históricos

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Del mismo modo que en las metodologías con-sideradas tradicionales (análisis de árboles familiares e isonimia), para realizar una medida de la autozigosis humana a nivel genómico se utiliza el estadístico F. El parámetro Froh refleja aquellos segmentos cromosó-micos (tracts) que presentan estados de homozigosis (ROHs) y, además, son IBDs: Siendo Lroh la longitud total de todos los ROHs presentes en el genoma de una persona y Lauto la lon-gitud del genoma autosómico cubierto por SNPs, ex-cluyendo los centrómeros. Por tanto, estamos hablando de la proporción del genoma autosómico compuesto por ROHs y que, por tanto, sería autozigoto. En la práctica, para el cálculo de ese índice se implementan algoritmos que escanean cada cromosoma en toda su longitud, mediante ventanas de un tamaño fijo en pares de bases, en la búsqueda de segmentos de SNPs homo-zigotos consecutivos. Un fragmento cromosómico será considerado como un ROH si el número de SNPs con-secutivos excede un umbral prediseñado. Este límite inferior, en cuanto a tamaño, va a permitir filtrar aque-llos fragmentos que se deben a fenómenos de desequi-librio de ligamiento (LD) (Ceballos et al., 2018). El tratamiento estadístico se lleva a la práctica a partir de diversas herramientas informáticas, siendo los más frecuentemente utilizadas PLINK (Purcell et al., 2007) y FSuite (Gazal et al., 2014b).

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